Bäche und Flüsse können durch Abwassereinleitungen, Stoffeinträge aus dem Einzugsgebiet und Gewässerverbauungen stark beeinträchtigt werden.

Ein guter Gewässerzustand von Fließgewässern wird erreicht durch:

- die Verringerung der Belastung durch Nährstoffe
- die Vermeidung/Verringerung der Belastung durch gefährliche
Stoffe
- gute Sauerstoffverhältnisse
- das Erhalten/Entwickeln einer naturnahen Gewässerstruktur

Durch den Ausbau von Kläranlagen konnte die Gewässerbelastung in den letzten Jahrzehnten deutlich verringert werden. Dadurch verbesserte sich der Gewässergütezustand vieler Fließgewässer erheblich. Landesweit werden die Untersuchungen zur Gewässergüte von der Landesanstalt für Umwelt, Messungen und Naturschutz regelmäßig durchgeführt.

Naturnahe Gewässerstrukturen zeichnen sich durch vielfältige Sohlformen und unverbaute, abwechslungsreiche Uferböschungen aus. Dies kann kostengünstig über eine naturverträgliche Gewässerunterhaltung erhalten und gefördert werden. Aber auch bauliche Maßnahmen zur Gewässerrenaturierung werden zur Verbesserung der Gewässerstruktur durchgeführt.

Von Gemeinden oder Zweckverbänden können auf örtlicher Ebene Gewässerentwicklungspläne aufgestellt werden, die unterschiedliche Maßnahmen zur Verbesserung der Gewässerstruktur aufzeigen. Die Wasserwirtschaftsverwaltung des Landes fördert Gewässerentwicklungspläne wie auch deren Maßnahmen über die Förderrichtlinie Wasserwirtschaft (FrWw).

Das Landratsamt berät dabei als technische Fachbehörde .

Im Zusammenhang mit der europäischen Wasserrahmenrichtlinie soll der „gute Zustand“ aller Gewässer erreicht werden. So wird die Gewässerentwicklung zu einer zentralen Aufgabe der Wasserwirtschaftsverwaltung (siehe Wasserrahmenrichtlinie).